运用DEA方法测算出中国13个粮食主产区2000—2012年的农业生态效率，并运用Malmquist指数方法进行动态分析。结果表明，2000—2012年中国粮食主产区农业生态效率均值仅为0.928，只有6个省份的投入产出达到最优水平，其余省份的生产资源投入存在一定程度的效率损失。从2000和2012年的对比分析来看，辽宁、内蒙古、江苏、湖北、湖南和四川的农业生态效率一直保持较高水平，河南、河北、山东和安徽则都处于非DEA有效状态。从动态分析结果来看，虽然中国粮食主产区农业生态效率整体呈上升趋势，但农业生产技术进步和综合技术效率损失并存，技术进步、纯技术效率和规模效率是影响农业生态效率的主要因素。