随着海峡两岸关系出现重大积极变化，两岸农业交流合作更趋活跃且呈日益深入状态，但潜伏的不利因素将逐渐浮出水面。为了促进两岸农业合作的持续深入，有必要从机制层面采取措施，包括：延伸农业产业链，构建全面合作机制；注重“三效”统一，构建农业可持续发展机制；构建科技与人才双向交流机制，促进科技资源整合；构建两岸农业合作投融资机制，破解资金瓶颈；建立台资农业企业和农民之间的利益联结机制，保障农民土地权益；建立农民专业经济合作组织发育机制，消除小农户与大市场的矛盾；建立两岸共同市场机制，消除两岸农业保护壁垒；建立新型农民培训机制，提高农业从业者的综合素质；建立两岸农业合作风险防范机制，规避农业生产风险；建立台商投资权益法律保障机制，保证合作的顺利进行。