基于1990—2009年海峡两岸农业贸易、农民收入差异情况显示：随着台海两岸贸易的展开，农民收入趋同趋势明显。进一步采用Johansen协整检验法估计两岸农民收入差距的对数、大陆对台农产品出口额对数和大陆自台农产品进口额对数三个变量间的协整数量并建立协整方程进行分析，研究发现：第一，海峡两岸农业贸易有助于缩小两地农民收入差异。大陆对台农产品出口每增加1%，就会促使两岸农民收入差距减小0.02%；大陆自台湾进口农产品每增加1%，就会促使两岸农民收入差距缩小0.06%。第二，短期内大陆对台农产品出口对两岸农民收入趋同影响不显著；大陆自台湾农产品进口额、上期两岸农民收入差距对现期两岸农民收入差距的影响显著；两岸农民收入差异从短期非均衡状态向长期均衡状态调整速度较快。