定点医疗机构的服务行为是决定新农合医疗制度可持续发展的关键。由于医疗行业的高度专业性和技术性以及参合农民医疗服务消费的乏知性、被动性、不确定性，定点医疗机构出于自身利益的考虑，往往会诱导农民的医疗需求，产生不合理化验与检查、开大处方、违规造假、收费不规范等不端行为，致使参合患者的医疗负担增加，增大合作医疗基金的风险，进而严重影响甚至制约新农合医疗制度的可持续发展。因此，必须通过独立于卫生部门的社会保障部门行使监督职能，实行指标管理，改革费用支付方式，完善内部管理、收入分配及监督制度，建立农民自治监督组织，完善农民监督员制度等治理措施，强化政府部门和参合农民的监管、监督以及定点医疗机构的内部治理，有效规范和约束定点医疗机构的诊疗、收费行为。